Doktorský studijní program Moderní dějiny je zaměřen na získání nezbytných znalostí a dovedností nutných k samostatné odborné a vědecké práci s důrazem na mezioborovost a otevřenost vůči nejnovějším trendům soudobé světové historiografie, to vše při respektování odborného profilu Katedry historických věd a jejích zaměstnanců. Studium respektuje kreditní systém, který umožňuje nejen jasné nastavení individuálního studijního plánu studentovi, ale i jeho důsledné plnění. Základ studijního plánu tvoří povinné metodologické a doktorské semináře, kde studenti získávají znalosti a dovednosti nezbytné pro vlastní teoretické bádání a případný empirický výzkum ve studovaném oboru a prezentují výsledky vlastní práce. Tuto povinnou část studijního plánu pak doplňují povinně volitelné předměty, které odpovídají specializaci zvoleného tématu disertační práce. Dále studenti musí vedle zkoušek ze dvou světových jazyků splnit další studijní povinnosti, zejména publikační (odborné studie a recenze) a praktické (např. vedení seminářů). Nedílnou součástí doktorského studia je studentská mobilita, kdy doktorandi mají možnost absolvovat zahraniční stáž, ať už krátkodobějšího (Free Movers) nebo dlouhodobějšího (Erasmus) charakteru.

Přijímací řízení probíhá formou ústního pohovoru, který zjišťuje vhodné předpoklady uchazeče (dosavadní vzdělání, studijní výsledky, jazykovou vybavenost apod.) a motivaci ke studiu. Součástí přijímacího řízení je i odborná rozprava nad předloženým projektem budoucí disertační práce.